- a -

• allDynamicImages : Supremo
• allDynamicPyramids : Supremo
• allRequiredParametersSet : CommandLineParser
• array1 : ConjugateGradientOptimiser
• array2 : ConjugateGradientOptimiser

- b -

• bendingEnergyWeight : BSplineTransformation
• bestObjectiveFunctionValue : Optimiser
• bestPoint : Optimiser
• bSplineBendingEnergyWeight : Supremo
• bSplineCPGSpacing : Supremo
• bSplineLinearEnergyWeight : Supremo

- c -

• continuationOfOptimisationPossible : ConjugateGradientOptimiser
• continueOptimisation : ConjugateGradientOptimiser
• controlPointGridImage : BSplineTransformation
• correctionImage : MoCoReconSuperResolutionIBP
• correspondenceModel : MoCoRecon, ObjectiveFunction, Supremo
• curDefSpaceImage : SlidingTransformation
• curDynamicImageTimePoint : ImageAcquisition
• curImageInAcquisitionSpace : ImageAcquisition
• curImageInFullImgSpace : ImageAcquisition
• currentIterationNumber : Optimiser
• currentLevel : Supremo
• currentObjectiveFunctionValue : Optimiser
• currentPoint : Optimiser
• currentReferenceStateImage : Supremo

- d -

• deformationVectorFieldImage : Transformation
• defSpaceImage : Supremo
• defSpaceImagePyramid : SlidingTransformation
• description : CommandLineOption
• dvfImageUpdateRequired : Transformation
• dynamicImages : MoCoRecon, ObjectiveFunction

- e -

• executableName : CommandLineParser

- f -

• finalMoCoReconImage : Supremo
• format : CommandLineOption

- g -

• gapOverlapConstraintWeight : SlidingTransformation
• gradient : Optimiser

- i -

• imageAcquisition : MoCoRecon, ObjectiveFunction, Supremo
• imageAfterAdjoint : ImageAcquisition
• imageLevels : ImagePyramid< VoxelType >
• imageSimilarity : ObjectiveFunction
• initialised : Supremo
• initialObjectiveFunctionValue : Optimiser
• inputRCMImages : Supremo
• interpolation : Transformation

- l -

• lastInitialisedLevel : BSplineTransformation, SlidingTransformation
• levelID : Supremo
• linearEnergyWeight : BSplineTransformation
• lowResolutionThreshold : LowResolutionImageAcquisition

- m -

• maxIterationNumber : MoCoReconSuperResolutionIBP
• maxLineSearchStepSize : Optimiser
• maxModelFitIterationNumber : Supremo
• maxNumberOfIterations : Optimiser
• maxNumberOfLineIterations : Optimiser
• maxSwitchIterationNumber : Supremo
• minLineSearchStepSize : Optimiser
• mocoReconstructor : Supremo
• modelParameters : CorrespondenceModel

- n -

• numberOfComponents : CommandLineOption
• numberOfDOFs : Optimiser
• numberOfDynamicImages : MoCoRecon, Supremo
• numberOfIterationsPerformed : Optimiser
• numberOfLevels : ImagePyramid< VoxelType >, Supremo
• numberOfLevelsToPerform : BSplineTransformation, ImagePyramid< VoxelType >, Supremo
• numberOfModelParameters : CorrespondenceModel
• numberOfParameters : Transformation
• numberOfSurrogateSignals : CorrespondenceModel, Supremo
• numberOfTransformationParameters : CorrespondenceModel

- o -

• objectiveFunction : Optimiser
• outputInterGradientFolder : Supremo
• outputInterMCRFolder : Supremo
• outputIntermediateGradientFolder : Optimiser
• outputIntermediateGradientPrefix : Optimiser

- p -

• paddingValue : LowResolutionImageAcquisition, MoCoRecon
• preEvaluatedObjectiveFunctionValue : Optimiser

- r -

• reconstructedImage : MoCoRecon
• reconstructionGeometryImage : MoCoRecon
• recoveryModelParameters : CorrespondenceModel
• referenceStateImage : ObjectiveFunction, Supremo
• referenceStatePyramid : Supremo
• repeatedUpdateChangesMCRImage : MoCoRecon
• required : CommandLineOption
• roundErrorThreshold : LowResolutionImageAcquisition

- s -

• signedDistMapImage : SlidingTransformation
• signedDistMapImageTransformedA : SlidingTransformation
• signedDistMapImageTransformedB : SlidingTransformation
• similarityMeasure : Supremo
• similarityWeight : ObjectiveFunction
• slidingGapOverlapConstraintWeight : Supremo
• slidingSignedDistanceMapImage : Supremo
• surrogateSignals : MoCoRecon, ObjectiveFunction, Supremo

- t -

• tokens : CommandLineParser
• transform : CorrespondenceModel, Supremo
• transformA : SlidingTransformation
• transformationType : Supremo
• transformB : SlidingTransformation

- u -

• updateReconstruction : MoCoReconSuperResolutionIBP
• usePreEvaluatedEvaluatedObjectiveFunctionValue : Optimiser

- w -

• warpedPaddingValue : Transformation
• weightsImageAfterAdjoint : ImageAcquisition
• weightsImageForReconstruction : MoCoReconSuperResolutionIBP, MoCoReconWeightedAverage